Kullanıcılarına daha öncesinde uctan uca şifreleme sistemini sunan WhatsApp, kullanıcıların güvenliğini daha da arttırmak için iki aşamalı doğrulama sistemini yayınladı. Bu özellik sayesinde, sizin hesabınızla uygulamaya giriş yapmak isteyenlerin işi ciddi anlamda zorlaşıyor. WhatsApp uygulamasını açıp Ayarlar/Hesap/İki Aşamalı Doğrulama/Aktif Et adımlarını takip ederek özelliği aktif hale getirebilirsiniz. Daha sonrasında ise sizden 6 haneli bir kod girmeniz istenecek. İstediğiniz kodu belirledikten sonra özelliği kulanabilirsiniz. Telefon değiştirdiğinizde veya WhatsApp'ı telefonunuza yeniden kurduğunuzda, WhatsApp sizden SMS onayının yanı sıra bu 6 haneli şifreyi de istiyor. Şifreyi unutursanız WhatsApp'ı 7 gün süreyle kullanamıyorsunuz. 7 günün sonunda ise tüm geçmiş yazışmalar silinerek SMS onayı ile uygulamaya erişebiliyorsunuz.